Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

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Q

R

S

T

U

V

W

X

Z

_

~

- e -

• earlier_stage_items : vg::Funnel::Item
• early_stop_number : vg::ComponentMinDistanceClusterer
• easy_sort() : vg::StreamSorter< Message >
• eat_trivial_children : vg::RepresentativeTraversalFinder
• EDGE : vg::ZipCodeTree
• edge_by_sides : vg::VG
• edge_cache : vg::Sampler
• edge_count() : vg::VG
• edge_cov_bin_size : vg::Packer
• edge_coverage() : vg::Packer
• edge_coverage_bin_offset() : vg::Packer
• edge_coverage_bin_size() : vg::Packer
• edge_coverage_civ : vg::Packer
• edge_coverage_dynamic : vg::Packer
• edge_index() : vg::Packer, vg::VG
• edge_listeners : vg::algorithms::GFAParser
• edge_locks : vg::Packer
• edge_max : PruningParameters, vg::VariantAdder
• edge_ref_t : vg::DiagramExplainer
• edge_support_cache : vg::CachedPackedTraversalSupportFinder
• edge_supports : vg::SupportAugmentedGraph
• edge_to_snarl_edge() : vg::SnarlGraph
• edge_vector_size() : vg::Packer
• edge_weight : vg::FlowSort::WeightedGraph
• edge_weight_callback : vg::FlowTraversalFinder
• edges : vg::algorithms::Node, vg::DiagramExplainer, vg::PathNode
• edges_end() : vg::VG
• edges_from : vg::MEMClusterer::HitNode, vg::VG
• edges_in_nodes : vg::FlowSort::WeightedGraph
• edges_of() : vg::VG
• edges_of_node() : vg::VG
• edges_of_nodes() : vg::VG
• edges_on_end : vg::VG
• edges_on_start : vg::VG
• edges_out_nodes : vg::FlowSort::WeightedGraph
• edges_start() : vg::VG
• edges_to : vg::MEMClusterer::HitNode, vg::VG
• Edit : vg::WFAAlignment
• edit() : vg::path_mapping_t, vg::VG
• edit_count : vg::Packer
• edit_csas : vg::Packer
• edit_fast() : vg::VG
• edit_length : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BABuilder, vg::Packer
• edit_read_end_idx : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::BABuilder
• edit_size() : vg::path_mapping_t
• edit_t() : vg::edit_t
• edit_tmpfile_names : vg::Packer
• edit_value() : vg::Packer
• EditAlignmentScorer() : vg::EditAlignmentScorer
• EditedTranscriptPath() : vg::EditedTranscriptPath
• edits : vg::WFAAlignment
• edits_at_position() : vg::Packer
• effective_position : vg::Funnel::Item
• effective_position_t : vg::Funnel
• effective_position_union() : vg::Funnel
• embed_ref_path_snarls() : vg::SnarlGraph
• embed_snarl() : vg::SnarlGraph
• embed_snarls() : vg::SnarlGraph
• embed_transcript_paths() : vg::Transcriptome
• embedded_alignments : vg::AugmentedGraph
• embedded_path_names : vg::TranscriptPath
• emit() : Vectorizer, vg::ReadFilter< Read >
• emit_extra_message() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• emit_gaf_traversals() : vg::GAFOutputCaller
• emit_gaf_variant() : vg::GAFOutputCaller
• emit_mapped_pairs() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::HTSAlignmentEmitter, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• emit_mapped_singles() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::HTSAlignmentEmitter, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• emit_paired_independent() : vg::MultipathAlignmentEmitter
• emit_pairs() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::HTSAlignmentEmitter, vg::MultipathAlignmentEmitter, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• emit_singles() : vg::BackTranslatingAlignmentEmitter, vg::HTSAlignmentEmitter, vg::MultipathAlignmentEmitter, vg::SurjectingAlignmentEmitter
• emit_singles_internal() : vg::MultipathAlignmentEmitter
• emit_snarl_recursive() : vg::NestedFlowCaller
• emit_tsv() : vg::ReadFilter< Read >
• emit_variant() : vg::MCMCCaller, vg::VCFOutputCaller
• emitter : vg::GAFOutputCaller
• emitter_t : vg::StreamSorter< Message >
• emplace_back() : vg::ZipCodeCollection
• EMPTY : vg::ZipCode
• empty() : haplo::int_itvl_t, vg::algorithms::GFAParser, vg::BitString, vg::Deconstructor::ChildContext, vg::GaplessExtension, vg::IndirectVectorView< Item >, vg::MatchPos, vg::MatchPos::PathList, vg::MultipathAlignmentGraph, vg::Option< vector< Item >, Parser >, vg::Paths, vg::VectorView< Item >, vg::VG, vg::WFAAlignment, vg::ZipCodeCollection
• empty_diagonal_range() : vg::WFATree
• empty_edge_ends : vg::VG
• empty_full_paths : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack
• empty_ids : vg::VG
• empty_score : vg::BandedGlobalAligner< IntType >::AltTracebackStack
• enabled : vg::Explainer
• encode() : vg::MEMAccelerator
• encoding : vg::ParallelKFFReader
• end : ReferenceInterval, vg::algorithms::kmer_t, vg::algorithms::walk_t, vg::GFFRecord, vg::HaplotypePartitioner::Subchain, vg::Haplotypes::Subchain, vg::kmer_t, vg::MaximalExactMatch, vg::NetGraph, vg::Option< vector< Item >, Parser >, vg::PathIndex, vg::PathNode, vg::PhasedGenome, vg::Range< Number >, vg::Region, vg::ShuffledPairs, vg::VectorView< Item >, vg::ZipCodeTree
• end_degree() : vg::VG
• end_handle() : vg::Haplotypes::Subchain
• end_hint() : vg::algorithms::Anchor
• end_hint_offset() : vg::algorithms::Anchor
• end_index : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• end_offset : vg::algorithms::Anchor
• end_paths : vg::algorithms::Anchor
• end_pos : vg::algorithms::Anchor
• end_seed : vg::algorithms::Anchor
• end_zip : vg::algorithms::Anchor
• endpoints : vg::GraphSynchronizer::Lock
• enforce_top_level_anchoring() : vg::GrefCover
• ensure_edge() : vg::DiagramExplainer
• ensure_edit_tmpfiles_open() : vg::Packer
• ensure_header() : vg::HTSWriter
• ensure_node() : vg::DiagramExplainer
• ensure_parent_directory() : vg::temp_file::Handler
• ensure_progress() : vg::Progressive
• entered_chain() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• entered_snarl() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• entries : haplo::haplo_DP_column, vg::subcommand::Preset
• erase_in_out_edges() : vg::FlowSort
• error() : vg::Logger
• error_model : vg::WFAExtender
• error_on_missing_path : vg::Transcriptome
• escape_delim() : vg::Packer
• escape_delims() : vg::Packer
• establish_strand_consistency() : vg::MultipathMapper
• estimate_batch_size() : vg::Packer
• estimate_bin_count() : vg::Packer
• estimate_data_width() : vg::Packer
• estimate_distribution() : vg::FragmentLengthDistribution
• estimate_edge_score() : vg::MEMClusterer
• estimate_gc_content() : vg::BaseMapper
• estimate_max_possible_mapping_quality() : vg::Mapper, vg::MappingQualityCalculator
• estimate_missed_rescue_multiplicity() : vg::MultipathMapper
• estimate_next_best_score() : vg::MappingQualityCalculator
• evaluate() : vg::WFAExtender::ErrorModel::Event
• exact() : vg::GaplessExtension
• exact_name : vg::ReadFilter< Read >
• exclude_dist_tree_merges() : vg::OrientedDistanceClusterer
• exclude_merges() : vg::OrientedDistanceMeasurer, vg::PathOrientedDistanceMeasurer, vg::SnarlOrientedDistanceMeasurer
• exclude_overlapping_min : vg::MinimizerMapper
• exclude_unaligned : vg::BaseMapper
• excluded_bp : vg::GrefCover
• excluded_chains : vg::Recombinator::Parameters
• excluded_contigs : HaplotypesConfig
• excluded_feature : vg::Counts
• excluded_features : vg::ReadFilter< Read >
• excluded_nodes : vg::GrefCover
• excluded_refpos_contigs : vg::ReadFilter< Read >
• excluded_samples : vg::HaplotypeIndexer
• excluded_units : vg::GrefCover
• exec : vg::IndexRecipe
• execute() : vg::IndexRecipe, vg::JobSchedule
• execute_recipe() : vg::IndexRegistry
• Exhaustive : vg::Genotyper
• ExhaustiveTraversalFinder() : vg::ExhaustiveTraversalFinder
• exit_on_destruct : vg::cerrWrapper
• exited_chain() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• exited_snarl() : vg::ZipCodeTree::distance_iterator
• exons : vg::Transcript
• exp_rho : haplo::haploMath::RRMemo
• expand() : vg::Funnel
• expand_context() : vg::VG
• expand_context_by_length() : vg::VG
• expand_context_by_steps() : vg::VG
• expand_for_softclips() : vg::MultipathMapper
• expand_if_necessary() : vg::WFATree
• expand_path() : vg::VG
• expanded() : vg::WFANode
• expanded_subgraph() : vg::RegionExpander
• expected_depth : vg::PoissonSupportSnarlCaller::PoissonCallInfo
• expected_separation : vg::GreedyMinDistanceClusterer
• Explainer() : vg::Explainer
• explaining() : vg::Explainer
• explanation_number : vg::Explainer
• extend() : haplo::haplo_DP_column, haplo::haplo_DP_rectangle, vg::DozeuInterface, vg::GaplessExtender, vg::IncrementalSubgraph, vg::Paths, vg::QualAdjXdropAligner, vg::RecombinatorHaplotype, vg::VG, vg::WFATree, vg::XdropAligner
• extend_dist_tree_by_buckets() : vg::OrientedDistanceClusterer
• extend_dist_tree_by_permutations() : vg::OrientedDistanceClusterer
• extend_over() : vg::WFATree
• extend_path() : vg::PhaseUnfolder
• extend_seed_group() : vg::MinimizerMapper
• extend_state() : vg::PhaseUnfolder
• extender : vg::MinimizerMapper
• extension_score_threshold : vg::MinimizerMapper
• extension_set_min_score : vg::MinimizerMapper
• extension_set_score_threshold : vg::MinimizerMapper
• extension_to_alignment() : vg::MinimizerMapper
• external_id_map : vg::algorithms::GFAParser
• extra_data : vg::FeatureSet::Feature
• extra_fragments : vg::Recombinator::Parameters, vg::Recombinator::Statistics
• extra_multimaps : vg::Mapper
• extra_node_weight : vg::IntegratedSnarlFinder, vg::IntegratedSnarlFinder::MergedAdjacencyGraph
• extra_snarls : vg::HaplotypePartitioner::Subchain
• extract() : vg::algorithms::GFAParser
• extract_cluster_graph() : vg::MultipathMapper
• extract_component() : vg::PathChunker
• extract_id_range() : vg::PathChunker
• extract_left : vg::IncrementalSubgraph
• extract_maximal_graph() : vg::MultipathMapper
• extract_overlapping_paths() : vg::Surjector
• extract_path_component() : vg::PathChunker
• extract_rescue_graph() : vg::MultipathMapper
• extract_restrained_graph() : vg::MultipathMapper
• extract_snarls() : vg::PathChunker
• extract_subgraph() : vg::PathChunker
• extracted : vg::IncrementalSubgraph
• extracting_left() : vg::IncrementalSubgraph